全国国际商务单证和外经贸行业单证员资格证书的区别如下：
国际商务单证员是指在国际商务或贸易业务中，专门从事的单证工作的专业人员。报关员则是指专门从事海关报关业务的专业人员。二者都是从事与国际贸易有关的单证方面的专业人员。
而区别在于，报关员是经过海关组织专门的培训和考试，取得报关员资格证书，并在海关登记备案的，可以直接办理报关业务的专业人员。而国际商务单证员在没有取得报关员资格之前，是不能够直接办理报关业务的。