当行政合同终止时，通常会对双方的合作关系产生一定影响。首先，双方需要清楚地了解合同终止的原因，这可能会导致一方对另一方产生不满或不信任的情绪，从而影响双方的合作关系。其次，合同终止后，双方需要重新协商合作方式，包括是否继续合作、合作方式的变化等，这可能会导致双方在谈判过程中出现分歧，进而影响合作关系。最后，合同终止后，双方需要处理合同履行过程中产生的权利义务关系，包括未尽责任的赔偿、合同解除后的清算等问题，这可能会引发纠纷，进而影响双方的合作关系。
为了减少合同终止对合作关系的影响，建议双方在合同履行过程中建立良好的沟通机制，及时解决合作中的问题，避免问题升级导致合同终止。此外，在合同中应明确约定合同终止的条件和程序，以减少合同终止所带来的不确定性和纠纷。另外，合同终止后，双方可以通过友好协商、寻求第三方调解等方式解决合作中的问题，维护合作关系。
一个案例是，某公司与供应商签订了采购合同，由于供应商履行不力，公司决定终止合同。在合同终止后，双方经过协商，最终达成了赔偿协议，并重新谈判了新的合作方式，最终保持了合作关系，实现了双赢。