在行政合同终止后，通常需要对相关文件进行妥善处理，包括合同文件的保存和销毁。具体操作如下：
合同文件的保存：根据法律法规和公司规定，一般需要将合同文件保存一定的时间。通常情况下，合同文件保存的时间为3至10年不等，具体以当地相关规定为准。保存合同文件的目的是为了备查、备案和处理可能发生的纠纷。
合同文件的销毁：合同文件保存期限届满后，需要进行文件销毁。销毁文件的方法一般有两种：焚毁和粉碎。焚毁是指将文件进行火化处理，确保文件内容无法被恢复；粉碎是指使用专业的文件粉碎机将文件切碎，确保文件内容无法被还原。销毁文件时，一定要确保文件内容完全无法被泄露，以保护公司和个人的隐私和权益。
文件销毁的记录：在进行文件销毁时，应该制作文件销毁记录，记录销毁的时间、方式和相关人员信息，作为备案和监管。这样可以在需要时进行查证和追溯。
总之，在行政合同终止后，需要根据相关规定对合同文件进行合理的保存和销毁，以确保公司合规经营和信息安全。