关系不同：母子公司之间是投资人与被投资人的关系，母公司是子公司的实际控制人；而分公司是总公司的分支机构，隶属于总公司。子公司是的法人，对经营过程中发生的债权债务以自己的财产承担；分公司则不具备企业法人资格，其在经营活动中的负债由所属总公司负责清偿。
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子公司，母公司，分公司它们有什么区别？
母公司与子公司
母公司是指拥有另一个公司一定比例以上的服从通过协议方式能够对另一个公司实行实际控制的公司。子公司是与母公司相对应的法律概念，是指一定比例以上的股份被另一个公司持有或通过协议方式受到另一个公司实际控制的公司。子公司具有法人资格，可以承担民事责任。
总公司与分公司
分公司是与总公司相对应的法律概念，是指在业务、资金、人事等方面受总公司管理，不具有法人资格的分支机构。分公司在法律、经济上没有性，属于总公司的附属机构。总公司管理分公司,对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥、管理、监督的权利，具有法人资格，可以承担民事责任。
子公司与分公司
设立方式不同。
子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
2.法律地位不同。
子公司是的法人，具有法人资格，拥有的名称、公司章程和组织机构，对外以自己的名义从事经营活动。分公司不具有法人资格，没有的名称、公司章程和组织机构，以总公司分支机构的名义从事经营活动。
3.受控制方式不同。
母公司对子公司一般不直接控制，而是通过任免子公司董事会成员、作出投资决策等方式影响子公司的生产经营活动。分公司的人事、业务、财产受总公司的直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
参考资料：百度百科——母公司