主要是原理和接种次数不同。
1、原理不同。灭活疫苗是用物理化学方法将病原微生物灭活，除去其增殖能力后制成的疫苗；减毒疫苗是将病原微生物经过减毒处理后，获得的免疫原性良好、致病力减弱的减毒株。
2、接种次数不同。一般来说，灭活疫苗需要多次接种，才能让体内达到足够的抗体强度；而减毒疫苗只需要经过单剂次接种就可以产生长期持久的免疫。