1、技术路线不同。腺病毒载体疫苗是将病原微生物经过减毒处理后，获得的免疫原性良好、致病力减弱的减毒株。而灭活疫苗是用物理化学方法将病原微生物灭活，除去其增殖能力后制成的疫苗。
2、接种剂次不同。腺病毒载体疫苗只需接种一次便能使人体产生较好的免疫效果，而灭活疫苗需要多次接种，目前我国的灭活疫苗需要接种两针次。