根据劳动合同法，旷工一天扣三天工资是不合法的。用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资，不得克扣或拖欠工资。如果用人单位未按约定支付工资、低于最低工资标准、不支付加班费或未支付经济补偿，劳动行政部门可责令其支付相应款项，并追加赔偿金。劳动争议调解仲裁法适用于劳动关系、劳动合同、解除合同、工作时间、工资报酬等方面的争议。
法律分析
旷工一天扣三天工资不合法，因为根据《劳动合同法》，规定了用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，旷工一天应当指扣除当天的工资，扣三天不合法。
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议;
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议;
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议;
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议;
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议
;(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
结语
根据《劳动合同法》规定，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资，旷工一天应当扣除当天工资，扣三天不合法。对于违法行为，劳动行政部门可责令用人单位限期支付劳动报酬、加班费或经济补偿。此外，《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》适用于劳动关系确认、劳动合同订立、履行、变更、解除、终止、工作时间、休假、社会保险、福利、培训、劳动保护、劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿等劳动争议。
法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民申请支付令，人民应当依法发出支付令。
《中华人民共和国劳动法》第五十条
工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。