建档立卡医保报销比例如下：
1、农村门诊报销比例：
（1）村卫生室及村中心卫生室就诊报销百分比60；
（2）镇卫生院就诊报销百分比40；
（3）二级医院就诊报销百分比30；
（4）三级医院就诊报销百分比20；
2、农村住院报销比例：
（1）镇卫生院报销百分比60；
（2）二级医院报销百分比40；
（3）三级医院报销百分比30。
3、农村大病报销比例：
（1）5001到10000元报销百分比65；
（2）10001到18000元报销百分比70；
（3）镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗补偿年限额一点一万元。
4、农村医保各类人群报销比例：
（1）学生、儿童报销比例：三级医院报销比例为百分比55；二级医院报销比例为百分比60；一级医院报销比例为百分比65；
（2）70周岁以上老年人报销比例：三级医院报销比例为百分比50；二级医院报销比例为百分比60；一级医院报销比例为百分比65；
（3）农村居民报销比例三级医院报销比例为百分比50；二级医院报销比例为百分比55一级医院报销比例为百分比60。
医疗保险的报销流程是：
1、参保人员应当前往定点医疗机构办理报销手续；
2、提交身份证、医保卡、疾病诊断证明书、就医资料原件等材料；
3、属于医保报销范围的，由医疗机构直接结算。
综上所述，建档立卡户在三甲医院报销比例为90%。医疗保险指基本医疗保险，是为了补偿劳动者因疾病风险造成的经济损失而建立的一项社会保险制度。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条
国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由规定。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。