深圳灵活就业医保可以交二档。
灵活就业医保一般只有一档和二档，非深圳户口灵活就业只能选非深户一档，深圳户口一档二档都可以选择。
深圳灵活就业医保一档二档区别：
1、缴费标准不同，深圳社保一档的缴费比例是单位交5.2%，个人缴交2%进入个人账户，最低缴费基数为上年度月社会平均工资的60%，而深圳社保二档的缴费比例是单位交0.6%，个人交0.2%，个人账户不返费；
2、医保不同，深圳社保一档的医保有个人账户，在所有定点医疗或社康都可以直接刷社保卡结算，而且可以在12个月内申请报销异地门诊费用，而深圳社保二档的医保没有个人账户，只能在绑定的医院或社康刷社保卡进行结算，并且不能报销异地门诊费用；
3、参保条件不同，深圳社保的医保一档只能是具有深圳户口的人参保，而深圳社保的医保二档是非深圳户口的人才能参保。
深圳社保选择档次的方式如下：
1、深户参保人如果是有单位交费的情况下，只能选择参保基本医疗一档，如果是个人缴费，可以选择一档或者二档；
2、非深户可以选择任何一种医疗档次，当然最好是不要选择三档；
3、少儿医保、大学生医保统一参加基本医疗保险二档；
4、不管是深户还是非深户，只要选择了一档或者二档，就强制性要交生育保险，三档就不包括生育保险。
综上所述，深圳社保的医保一档只能是具有深圳户口的人参保，而深圳社保的医保二档是非深圳户口的人才能参保。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。